Шӯрои ҳавзавии дарёи Зарафшон дар асоси Қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 31 декабри соли 2020, №680 “дар бораи тартиби таъсис ва фаъолияти Шӯроҳои ҳавзавии дарёҳо” ва фармоиши Вазири энергетика ва захираҳои оби Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 27 августи соли 2021, №47 “Оид ба таъсис додани Шӯрои ҳавзавии дарёи Зарафшон” ба тасвиб расидааст.
Ҷаласаи якумини Шӯрои ҳавзавии Зарафшон зери роҳбарии Вазорати энергетика ва захираҳои оби Ҷумҳурии Тоҷикистон ва инчунин бо дастгирии техникии лоиҳаи IRDP/TRIGGER II, ташкилоти Ҳамкориҳои Байналмилалии Олмон (GIZ) амалӣ карда шуд.
Дар кори чорабини масъалаҳои марбут, мусоидат ба идоракунии самараноки захираҳои об ва ҳамоҳангсозии фаъолияти ҳамаи ҷонибҳои манфиатдор дар ҳудуди минтақаҳои ҳавзавии дарёи Зарафшон ва мувофиқаи нақшаҳои ҳавзавӣ оид ба идоракунии самараноки захираҳои об дар ҳавзаи дарёи Зарафшон муҳокимарони намуда, дида баромада шуд.
Ҳайати Шурои ҳавзавии дарёи Зарафшонро намояндагони мақомотҳои ваколатдори давлатӣ, дар самти идоракунӣ, истифодабарӣ ва ҳифзи захираҳои об, мақомотҳои иҷроияи маҳаллӣ ҳокимияти давлатӣ ва ҳамчунин намояндагони истифодабарандагони об, иттиҳодияҳои ҷамъиятӣ ва ташкилотҳои ғайри давлатӣ ташкил медоданд.